原来铁木真在进攻金国时接到报信，知道扎合敢不叛乱，因此立刻回兵。
这时扎合敢不和他的四个儿子，五个孙子己率军袭击蒙古的营地。幸好蒙古在不儿罕山边筑好了城，在耶律楚材和沈白的指挥下，大部份牧民、老弱妇幼都及时躲进了城里。同时下令，拿得动兵器的老人孩子，以及身体强壮的妇女全都上城来防守。
扎合敢不的人马都是骑军，没有攻城的器具，平均还不足两丈高的城墙就将凶悍的草原勇士挡住，也无计可施。只能围着城墙干转圈，然后向城上放箭。但城墙上都有挡箭的垛口，城上的守军也以弓箭还击，因此扎合敢不连攻了七八天，也沒能攻入城去。
而这时铁木真回援的先锋人马以经赶到，是由哲别和速不台率领的五千骑军，双方就在城下展开了大战。
随扎合敢不反叛的人马并不多，一共只有六千余人，屈出律的哈喇契丹大军还在阿勒坦山以西的地方，远隔着数千里。而扎合敢不的人马连攻了七八天都攻不进城去，士气早己消磨殆尽了，蒙古军虽然是远路而来，但是为了救援自己的亲人，因此人人奋勇，加上哲别和速不台都是猛将，一阵猛冲，扎合敢不那里是蒙古军的对手，顿时被打得大败，六千人马只剩不足两千。连扎合敢不也身中三箭，差一点没命了。而他的四个儿子中，两个战死，一个被擒，只跑出来一个人。五个孙子更是三死二擒，一个都没跑了。
札合敢不这时也是年过六十的人了，身受重伤，又伤痛子孙伤亡，心里自然是又气又急，跑到翰尔罕河附近时，终于也支持不住，一命呜呼了。而他唯一的儿子也被部下所杀，带着他们父子的人头去投降铁木真。
等铁木真率领大军赶回营地时，扎合敢不的叛乱以经被基本平定下来。而这一次叛乱并未造戌大的伤亡，完全是蒙古修筑的城墙起了关建性的作用，因此铁朩真对提倡筑城的耶律楚材大加赞赏，而许多先前对筑城持反对意见的人也改变了态度。对耶律楚材也更加佩服了。同时也对铁朩真主张将城墙加高到三丈，也都全力支持。
扎合敢不的叛乱虽然以经平定下来，但乃蛮王子屈出律依旧是一个重大的麻烦。但铁木真也陷入了深深的两难取舍中。连日来都聚集大将商议，但也没有议论出一个结果来。
按说，铁木真应该立刻出动大军，去迎击屈出律的哈喇契丹大军，因为屈出律是昔曰乃蛮的王子，乃蛮汗位的唯一继承人，虽然他为人粗暴，性格急燥，但在乃蛮人中还是有很大的号招力。如果放任不管，恐怕整个杭爱山以西的地方都会被屈出律重新夺回去。因此这一次不仅要打败屈出律，最好还能够灭掉哈喇契丹，彻底根除后患。
但乃蛮在大漠的最西端，从不儿罕山出发，到达乃蛮的驻地阿勒坦山至少要行军一月之久，而哈喇契丹还在乃蛮以西，辐原之广阔，据说不在蒙古草原之下，那么一去一回，至少也要大半年的时间。现在蒙古以经和金国以经彻底撕破了脸，一但蒙古大军去迎战屈出律的大军，金国知道以后，一定会出兵进犯草原，那么到那时铁木真连回兵都来不及。
因此主儿扯歹、哲别、速不台、忽必来等大将纷纷请令，要求由自己带领一支人马，去迎战屈出律，铁木真则继续坐镇不儿罕山的城中，准备迎击金国的进攻。
但让一员大将带少许人马出击，并不足以灭掉整个哈喇契丹，最多只能击退屈出律，而等蒙古军退了之后，屈出律又可以卷土重来。想要彻底灭掉哈喇契丹这样的大国，蒙古必须出动大半人马，而这样庞大的兵力，虽然都是自己的老部下，但铁木真仍然决不放心随便交给那一个人来统带，还是掌握在自己手中，才能够放心。
就在十余天以后，草原西边传来消息，屈出律率领着十万哈喇契丹大军，以经在攻打阿勒坦山了。显然这时以经不能再犹豫不决，铁木真听从了耶律楚材的建议，先派哲别、速不台两人先率领二万蒙古军，去阿勒坦山拒敌屈出律。然后又派人去打探金国和南宋的动静，然后再做决定。
就这样又等了两个多月，哲别和速不台的人马赶到阿勒坦山之后，立刻就稳定住了战局。面对着是自己五倍的大军，哲别和速不台果然下令，将蒙古军分为十支，分头出击，从四面八方向哈喇契丹大军发动了猛攻。屈出律一时间也被弄得手足无措，顾此失彼，也不知道蒙古军到底发来了多少人马，结果双方连战六场，蒙古军五胜一败，杀死了哈喇契丹军两万多人。
屈出律这次率领哈喇契丹大军来进攻蒙古，本来就不得人心，哈喇契丹的士兵们根本就不愿打这种无意义的战斗，这一下更是人心背离，军心不稳。屈出律无奈，只得下令撤军。
而哲别和速不台分兵两路，速不台带一万人马尾随哈喇契丹大军追击，哲别则领着一万人马，以一人三马轮换，曰夜兼程赶路，赶到哈喇契丹大军的前面堵劫。经过了三天三夜的追赶，终于在额儿齐思河附近前后堵击，追上了哈喇契丹的大军。
哲别首先在前方给哈喇契丹大军一个迎头痛击，这时哈喇契丹大军还有近八万人马，但屈出律做梦也没有想到蒙古军会绕到自己的前面，只得仓促迎战，哈喇契丹大军人数虽多，但军无斗志，因此和一万蒙古军只打了一个势匀力敌。
就在这时，速不台率领人马从后面赶到，蒙古军前后夹击，哈喇契丹大军立刻不敌，被打得溃不成军，当场被斩杀二万余人，被逼入额儿齐思河淹死的就有近八千多人。屈出律只带着三万多人马逃回哈喇契丹，余下的近两万人全被蒙古军俘虏。在战事结束之后，俘虏的哈喇契丹士兵被蒙古军尽数屠杀，尸体垒集在额儿齐思河边，犹如小山一样高。
接到哲别和速不台的报捷，铁木真也十分高兴，立刻下令让哲别和速不台就在额儿齐思河边驻守，等待自已的下一步指令。而南宋的使臣也到达了蒙古，告诉铁木真，金国将要举行南侵，要求铁木真履行联盟的诺言，从北方出兵，牵制金国的兵力。蒙古的探子也回到草原，证实了大宋的使臣所说的不是假话，金国确实将要大举南征。
铁木真不禁大喜过望，这可是个千载难逢的好机会，趁着现在金宋交战之际，正好可以出动大军西进，平灭哈喇契丹，除去屈出律这个后患。至于宋金之间，就让他们拼个两败俱伤去吧。
但耶律楚材这时进言，提醒铁木真，不要忘记宋蒙联盟，现在宋蒙之间是唇亡齿寒的关系，如果坐视金国灭掉或是重创了南宋，那么下一个就将轮到蒙古。以蒙古一方的力量，根本不足以独自对抗金国。
铁木真听了，也恍然大悟，赞叹还是耶律楚材看得全面。然后又聚集武将谋臣，商议了三天，终于做出了最后的决定。
铁木真亲自率领八万大军，去征伐哈喇契丹，八万大军中，有五万是蒙古骑军，包括哲别和速不台带去的两万先头部队。另外三万是其他各族的杂役步军。随同铁木真出征的大将是博尔术、赤老温、忽必来、主儿扯歹等人，以及铁木真的三个弟弟合撤儿、铁木格、别勒古台，四个儿子术赤、察合台、窝阔台和拖雷。并以耶律楚材为军师。另外，因为铁木真的可敦古尔别丝本是以故乃蛮塔阳汗的宠妃，在乃蛮部中也很有影响力，因此这一次也随蒙古大军一起出征。
而对金国作战的大权则全部授予了大将木华黎，凡事对金作战的一切事宜均可以便宜行事，自行决策处理。并按中原的官制，加封木华黎为太师、国王、赐黄金印，以博尔忽为副将，契丹族的降将耶律阿海、耶律秃花两人也在木华黎部下听用。率领三万大军，包括一万蒙古骑军，八千契丹族士兵，和一万二千杂役步军，并又赐给木华黎一面九素白旌大旗，告诸将：木华黎把旗帜插在这里，所发出的号令就等于是我亲自传出的一样。
最后留下大将者勒灭、札八儿火者、沈白、塔塔统阿、失吉忽秃忽等人率领三万人马，包括两万蒙古骑军和一万杂役步军，留守营地。
分派完毕之后，铁木真对宋朝的使臣也不隐瞒，甴耶律楚材出面转达，将蒙古的兵力情况分派都向宋朝使可做了交待，并且再三强调蒙古目前面临的困难，请使臣回国之后，向大宋君臣解释清楚，还保证一但打败了哈喇契丹之后，就立刻撤回大军，进攻金国。
宋朝的使臣当然不能对蒙古的内政发表任何意见，只是表示回国之后，一定将实情转告朝廷，而耶律楚材又写了一份囯书，交由使臣带回去。
随后蒙古大军各自拔营起兵，分道扬镳。