拿到朱常洛手书的西厂组建计划后，魏忠贤便开始对徐光启的通州兵进行整编、扩编与改编。徐氏通州兵共942人，其中战斗人员有672人，辎重及斥候部队共120人，未编人员150人。
他先将150名未编人员中的112名（一个满编标准局）编入了战斗序列，剩下的38人则编入辎重斥候及部队。
这样一来，徐氏通州兵的战斗部队就变成了7个局，合21个旗，合63个小队。其中百总7人，旗总21人，队总63人。
整编完成后，魏忠贤拿着皇上的手谕去御马监，要求掌印太监商经颖调两千五百精锐给他。
商经颖是万历朝的老人，为人中正、忠诚。无论是争国本、争册立、争三王并封还是妖书案、梃击案，他都没参与。他秉持的理念一直都是，御马监只忠于龙椅上的皇帝。
在收到魏忠贤送来的调令之后，商经颖立刻就去求见皇帝朱常洛。在这次短暂的面圣中，商经颖告诉朱常洛，御马监下辖的作战部队只有勇士营和四卫营，这两营禁卫加起来并算上后勤部队才堪堪七千人出头。要是在短时间内调走两千五百名战兵恐怕会出大问题。
朱常洛听了之后深以为然，于是便命令商经颖先拣选五百精锐给魏忠贤使用。至于其余的人手，则诏令御马监从民间新募士兵两千五百人，等其中两千人到后，再抽调御马监原有精锐两千人供魏忠贤使用。
朱常洛之所以非要抽调御马监的人，而非锦衣卫的人去补充西厂，一是为了混淆视听，二是因为在京锦衣卫总计不到六千人，一下子抽走三千，就算不考虑日后清查锦衣卫系统时可能发生的包庇行为，也得考虑京师的治安问题。
至于京营，......还是算了吧。
因为御马监的招人标准很高，所以当左光斗用一封弹章引爆“东厂贪帑勒索案”时，魏忠贤才堪堪收到314个的新兵，算上之前一口气调来的500人，西厂才扩编57個队（剩下的是辎重及斥候部队），满打满算不过110个12人小队。
根据皇上手书的建厂计划进行改编之后，行动单位取消“鸟铳”与“杀手”的区别，去掉原来的冠名，改冠“执行”二字。
所有的12人小队统称为“执行队”，由队总1人，刀盾兵3人，长矛兵2人，朴刀弩兵2人，朴刀火枪兵3人，火兵1人组成。
3个执行小队组成执行小旗，设旗总1人；3个执行旗组成执行总旗，不再称局，设总旗总（取消百总称谓）1人；3个执行总旗组成执行中队，设把总1人；3个执行中队组成执行大队，设千总1人。
因此，执行小队12人，执行小旗37人，执行总旗112人，执行中队337人，执行大队1012人。
原则上，执行大队为最大执行单位。如果遇到特殊情况需要更多人手，则西厂提督在得到皇帝的允准后，可以以执行大队为基础成立特别执行队。特别执行队成立后，西厂千总有权调动同等人数的锦衣卫，或者一个卫所的所有兵力协同办案。